アララギ博士
- ポケットモンスターシリーズ初の女性博士
- 主人公に最初のポケモンとポケモン図鑑を託して、図鑑の完成を依頼する
- イッシュ地方で研究をしていて、旅の中でも何度も関わることになる
マコモ
- ゲームシンクを開発した研究家
- ポケモントレーナーについて研究している
- アララギ博士の大学時代からの友達
- トレーナーのレポートを集めるためのシステムを構築をしており、主人公はその手助けをすることになる
- マコモのお願いを聞いてあげると「Cギア」を手に入れることができる
- ゲームシンクを開発した研究家
N
- 主人公たちの前に姿を表すナゾの人物
- タツベイ系とダンバル系を操る。
- 自分の思想が正しいことを確かめるため、なんども主人公に戦いを挑んでくる
- ポケモンのことを「トモダチ」と呼び"ポケモンは人々から開放されなければならない"という独自の発想を持っており、それを実践するための力を探している
- 詳細はN(エヌ)を参照。
プラズマ団
- ポケモンを救うためだと自分を正当化し、人々からポケモンを奪うなどの悪事をはたらく謎に満ちた集団
チェレン
- 主人公の幼馴染
- 思慮深く理知的な男の子
- ポケモンに対する豊富な知識があり、冒険の最中多くのアドバイスをくれる
ベル
- 主人公の幼馴染
- 少々天然な女の子
- 父親の猛反対を押し切って旅に出た
- 頼りないながらも、シンの強い一面がある
- プラズマ団の重要人物
- 各地で演説をおこなっている
- アーボック、ブーバーン、ドサイドン、ボスコドラ、マグカルゴ、ムウマージを操る。